微卫星在基因组上的分布与功能及其计算方法初步研究PDF|Epub|txt|kindle电子书版本网盘下载

微卫星在基因组上的分布与功能及其计算方法初步研究PDF格式电子书版下载

注意：本站所有压缩包均有解压码： 点击下载压缩包解压工具

摘要1

Abstract3

1 文献综述5

1.1 微卫星研究进展5

1.1.1 微卫星在基因编码区与非编码区的分布5

1.1.2 微卫星的功能观点6

1.1.2.1 染色体组织7

1.1.2.2 DNA高级结构7

1.1.2.3 端粒与着丝粒7

1.1.2.4 DNA代谢过程的调节7

1.1.2.5 DNA复制与细胞循环8

1.1.2.6 基因活性调节9

1.2 微卫星变异的突变机制10

1.2.1 复制滑动机理11

1.2.2 重组机理11

1.2.3 复制滑动与重组的互作12

1.3 进化基因组学上的遗传重组12

1.3.1 重组的生物学意义12

1.3.2 重组的检测13

1.3.3 检测重组的统计学方法13

1.3.4 重组检测方法的性能13

1.3.5 重组与亲缘关系的推断14

1.3.5.1 系统发生史估计的重组效应14

1.3.5.2 重组与分子钟14

1.3.6 网状进化论的表示15

1.4 着丝粒生物学15

1.4.1 着丝粒的生物学功能15

1.4.2 不同物种的着丝粒序列15

1.4.3 来自于非正常着丝粒的认识16

1.4.4 着丝粒决定模型17

1.4.5 着丝粒结构与功能的中的重复序列难题18

1.4.6 低等真核生物的着丝粒18

1.4.7 高等真核生物的着丝粒18

1.4.8 着丝粒的矛盾19

1.4.9 高等真核生物的着丝粒功能模型19

1.5 研究思路开题设想20

2 数据收集与分析方法22

2.1 数据来源22

2.2 计算环境22

2.3 微卫星的计算标准22

2.4 微卫星含量的定义22

2.5 程序实现23

3 结果与分析25

3.1 微卫星在物种间染色体上的分布25

3.1.1 微卫星在拟南芥（Arabidopsis thaliana）基因组染色体上的数量分布25

3.1.2 微卫星在水稻（Oryza sativa SSP.Japonica）基因组染色体上的分布26

3.1.3 微卫星在人类基因组染色体上的分布32

3.1.3.1 人类染色体测序与组装进展32

3.1.3.2 微卫星在人基因组染色体上的分布32

3.1.3.3 微卫星在人基因组染色体上的分布小结40

3.1.4 微卫星在酵母（Schizosaccharomyces pombe）基因组染色体上的分布41

3.1.5 微卫星在染色体上的分布小结42

3.2 微卫星在物种间的分布42

3.2.1 微卫星在真核生物物种间的分布42

3.2.1.1 真核生物基因组大小碱基对数、微卫星模体数和含量之间的关系43

3.2.1.2 真核生物微卫星模体使用频率45

3.2.1.3 微卫星模体长度与重复次数的关系45

3.2.1.4 微卫星重复模体的变异能力统计45

3.2.1.5 真核生物不同重复模体长度的微卫星特点48

3.2.2 微卫星含量在病毒及原核基因组上的分析50

3.2.3 真核生物微卫星与病毒及原核生物微卫星的比较50

3.2.3.1 微卫星含量的变异51

3.2.3.2 微卫星模体数的差异51

3.2.3.3 微卫星含量在病毒基因组亚种间的比较51

3.3.4 微卫星在真核和原核基因组上的分布性质研究小结51

3.3 微卫星促进新基因的产生53

3.3.1 研究孤儿基因的意义53

3.3.2 水稻基因组的孤儿基因54

3.3.3 孤儿基因与非孤儿基因的微卫星含量关系55

3.3.4 在孤儿基因和非孤儿基因之间水稻微卫星的组成比较55

3.3.5 微卫星与孤儿基因的关系小结56

3.4 微卫星含量与遗传重组值的相关性57

3.4.1 微卫星不同长度模体数与重组率的相关性57

3.4.2 用通径系数分析方法来确定不同长度模体微卫星对重组率的直接贡献率60

3.5 微卫星在水稻基因组中的分布60

3.5.1 微卫星在水稻籼稻93-11和粳稻Nipponbare基因组之间的总量趋势的比较分析61

3.5.2 水稻基因组微卫星在基因内和基因间的比较分析61

3.5.3 二聚体核苷酸微卫星在基因组各成分上的关系61

3.5.4 水稻基因组微卫星分布性质小结62

3.6 本地BLAST比对与结果分解62

3.6.1 本地BLAST比对62

3.6.2 比对结果分解63

3.7 大规模数据的远程计算方法研究64

3.7.1 大规模数据的TIGR的Intenet远程BLAST计算方法64

3.7.2 大规模数据的NCBI的Internet远程BIAST计算方法65

3.7.2.1 基于Bioper1的NCBI远程网络BLAST66

3.7.2.2 基于LWP的NCBI远程BLAST68

3.7.2.3 通过Berkeley套接字（Socket）的编程技术70

3.7.3 Internet远程计算中的多进程与多线程程序设计实现74

3.7.4 Intenet远程计算中的基于Socket的无阻塞技术81

4 讨论82

4.1 微卫星分布的动力学模型82

4.1.1 微卫星在染色体上的分布82

4.1.2 微卫星含量与重组率相关性的直接证据83

4.1.3 微卫星在物种之间的变异83

4.1.3.1 基因组内微卫星的变异性与PCR多态性的关系84

4.1.4 微卫星促进新基因的产生84

4.2 关于微卫星是生物进化动力还是生物进化的痕迹的问题85

4.3 生物信息学计算之我见86

4.3.1 数据库技术是计算生物学必需的数据组织与存取基础86

4.3.2 免费资源的价值86

4.3.3 网络在生物信息学研究中起了关键作用87

4.3.4 计算生物学算法语言的选择87

5 结论89

参考文献90

致谢100

附录 与论文联系较为紧密的表格和Per1源程序102

附表1 国际水稻基因组计划基因组数据的TIGR注释数据集中通过验证过的孤儿基因表102

附录2 本研究涉及的部分重要计算程序145

附录程序1.9311_syd_eom_parse.pl145

附录程序2.9311.9311est.pl147

附录程序3.3rd_uniq_jrgp_corn_parse.pl150

附录程序4.SSR.pl152

附录程序5.SSR_nature.pm154

附录程序6.irgp_assembly_parse.pl156

附录程序7.irgp_assembled_coordset.pl157

附录程序8.irsgp_assembly_lj.pl159

附录程序9.irgp_cdna_seq.pl159

附录程序10.irgp_cDNA_SSR.pl160

附录程序11.irgp_cdna_SSR_concat.pl161

附录程序12.irgp_epcr.pl162

附录程序13.SSR_in_EPCR.pl179

附录程序14.irgp_genome_SSR_seg.pl180

附录程序15.ncbiestb1ast.pl181

附录程序16.sca_reputer.pl183

附录程序17.segremoteb1ast.pl186

附录程序18.9311_syd_com_parse.pl190

附录程序19.arab_SSR.pl193

附录程序20.get_genbank_access.pl194

附录程序21.irgp_pseudo.pl198

附录程序22.tigr.pl199

附录程序23.eukaryotes.pl202

附录程序24.eukaryotes_SSR_sing1e.pl204

附录程序25.ncbi_send.pl206

附录程序26.ncbi_threads_fetch.pl209

附录程序27.virus_SSR.pl211

附录程序28.virus_genome.pl212

附录程序29.virus_SSR_summary.pl213