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1 生物芯片技术简介 陈忠斌 王艳华 译1

1.1 引言2

1.2 DNA微阵列芯片的发展过程2

1.3 DNA微阵列和基因芯片3

1.4 基于启动子的DNA微阵列芯片5

1.5 生物芯片操作中遇到的问题6

1.6 芯片检测方法6

参考文献7

1.7 结论7

2 微阵列生物芯片操作的实验室自动化 马卓娅 汤华 译9

2.1 为什么要实现实验室的自动化操作？10

2.2 定制微阵列芯片的制作10

2.3 杂交系统的自动化13

2.4 芯片数据的读取——扫描仪13

2.5 实验室的常规自动化16

2.6 总结18

参考文献18

3 DNA芯片与生物芯片中心实验室 刘全俊 潘品良 译19

3.1 引言20

3.2 点样芯片——寡核苷酸或PCR扩增子？21

3.3 DNA的高通量扩增21

3.4 小鼠单基因微阵列的制备25

3.5 RNA的确定和荧光靶标的标记26

3.6 标记靶标的评价28

3.7 微阵列芯片的预扫描28

3.8 杂交和扫描29

3.9 点制芯片的质量控制30

3.10 芯片点样仪和扫描仪31

3.11 数据分析——克隆跟踪、芯片寻点（spotfinding）以及数据发掘32

3.12 结论35

参考文献39

4 生物芯片的纳米颗粒标记 刘全俊 陆祖宏 潘品良 译40

4.1 引言41

4.2 RLS粒子作为超灵敏检测标记物的基本原理41

4.3 光散射理论和选择便于超灵敏检测的颗粒大小组分42

4.4 仪器50

4.6 RLS颗粒在固相检测分析中的检测灵敏度和检测范围51

4.5 蛋白质、DNA探针及配体与RSL颗粒的交联51

4.7 应用52

致谢58

参考文献59

5 如何评估生物芯片扫描仪 潘品良 刘全俊 译60

5.1 引言61

5.2 扫描仪的校准61

5.3 总结67

参考文献69

6 全基因组水平mRNA表达谱分析在农业基因组学研究中的应用 周鑫 徐文英 译70

6.1 引言71

6.2 基因转录谱分析芯片72

6.3 对未测序植物的可选方法73

6.4 农业研究中的应用范围73

6.5 整合互补的基因组数据74

6.6 结论75

参考文献76

7 生物芯片技术在药物靶标确证和新药发现中的应用 文思远 王升启 译80

7.1 基因组学和药物发现81

7.2 单核苷酸多态性和Crohn病82

7.3 微阵列技术和精神分裂症83

参考文献85

8 蛋白质芯片在蛋白质组学中的应用 周华蕾 马玉媛 吕茂民 译 章金刚 校87

8.1 引言88

8.2 芯片构造与表面化学88

8.3 结合蛋白的检测91

8.4 蛋白质芯片的应用93

致谢94

8.5 结论94

参考文献95

9 SpanscriptTM：快速获取非冗余cDNA3'端文库用于制备微阵列芯片的方法 仇华吉 刘丽玲 译97

9.1 引言98

9.2 Spanscript方法学99

9.3 用于微阵列芯片的3'cDNA文库（探针库）制备102

9.4 Spanscript技术应用实例102

9.5 基本原理103

9.6 Spanscript软件104

9.7 讨论105

参考文献107

10 生物芯片数据管理 陆祖宏 刘全俊 潘品良 译108

10.1 引言109

10.2 微阵列数据库的分析模块110

10.3 微阵列数据分析中的噪声采样115

10.4 数据共享和查询120

10.5 微阵列芯片实验室信息管理系统121

10.6 GeneDirector自定义121

10.7 总结121

参考文献122

11 用LFC模型从芯片数据中鉴定差异表达基因 仇华吉 李娜 译123

11.1 引言124

11.2 将LFC模型应用于实验数据集125

11.3 结论129

参考文献130

12 应用50mer寡核苷酸芯片分析线虫基因表达 高志贤 张蕾 刘楠 译 陈忠斌 校131

12.1 引言132

12.2 结果133

12.3 讨论142

12.4 方法144

致谢146

参考文献146

13 生物芯片技术检测大鼠体内药物诱导氧化酶P450 mRNA及其他药物代谢相关基因表达水平：在药物筛选与开发中的应用 马卓娅 汤华 译 陈忠斌 校148

13.1 引言149

13.2 材料和方法149

13.3 结果151

13.4 讨论154

参考文献158

致谢158

14 寡核苷酸芯片技术在突变分析中的开发与应用 文思远 王升启 译159

14.1 引言160

14.2 寡核苷酸制备161

14.3 点样过程163

14.4 样品制备165

14.5 杂交和洗涤169

14.6 芯片扫描和数据分析171

致谢172

参考文献172

15 生物芯片技术比较、统计分析和实验设计 付俊杰 苏震 译174

15.1 引言175

15.2 芯片基因表达平台175

15.3 芯片偏差的统计分析178

15.4 偏差来源179

15.5 统计学定义179

15.6 芯片功效分析181

15.7 跨平台数据185

15.8 样点形态185

15.9 功能质量控制187

15.10 芯片质量控制：对照探针188

15.11 芯片质量控制：检测探针190

15.12 应用CodeLink Mouse UnisetⅠ芯片的生物实验190

15.13 公共基因表达数据193

15.14 可供搜索的公共基因表达数据库和通用数据格式193

15.15 基因表达谱：差减杂交与微阵列芯片194

15.16 讨论196

参考文献208

16 INFINITITM系统：临床实验室的自动化多功能芯片平台 周华蕾 姚站馨 吕茂民 译 章金刚 校212

16.1 引言213

16.2 BioFilmChipTM微阵列芯片214

16.3 INFINITITM分析仪215

16.4 QmaticTM操作软件216

16.5 IntellipacTM试剂管理模块217

16.6 INFINITITM系统的应用实例：实验过程及结果分析218

16.7 结论220

致谢220

参考文献221

1 RNA的分离222

附录Ⅰ 高志贤 张蕾 刘楠 译 陈忠斌 校222

2 荧光标记靶基因225

3 分光光度法定量检测Cydye标记的靶标231

4 用Amersham GENⅢ Microarrayer在氨基硅烷玻片上点制微阵列芯片232

5 芯片手工杂交操作程序233

6 芯片扫描234

附录Ⅱ 高志贤 张蕾 刘楠 译 陈忠斌 校235

1 寡核苷酸探针与扩增子探针235

2 芯片表面235