生物软件选择与使用指南PDF|Epub|txt|kindle电子书版本网盘下载

生物软件选择与使用指南PDF格式电子书版下载

注意：本站所有压缩包均有解压码： 点击下载压缩包解压工具

第1章 生物软件选择指南1

1.1 生物科学工作者常用软件1

1.1.1 实验准备阶段1

1.1.2 实验实施阶段2

1.1.3 实验结果输出阶段8

1.2 因特网上的生物软件资源9

1.2.1 通过搜索引擎进行搜索10

1.2.2 通过生物信息学数据库进行查找11

1.2.3 通过生物资源主题网站进行查找13

1.2.4 软件的索取、安装及使用14

第2章 综合序列分析16

2.1 综合序列分析软件Lasergene16

2.1.1 引言16

2.1.2 用GeneQuest发现新基因18

2.1.3 用Protean进行蛋白质结构分析23

2.1.4 用MegAlign进行序列比对和构建进化树26

2.1.5 序列组装、引物设计、限制图谱和序列编辑29

2.2 综合序列分析软件BioEdit29

2.2.1 引言29

2.2.2 File：文件菜单30

2.2.3 Edit：编辑菜单30

2.2.4 Sequence：序列菜单32

2.2.5 Alignment：排列菜单32

2.2.6 View：视图菜单32

2.2.7 Accessory Application：应用程序菜单32

2.2.8 RNA：RNA序列分析菜单33

2.2.9 World Wide Web：网络菜单34

2.2.10 Options：选项菜单36

2.2.11 Window：窗口菜单36

2.2.12 Help：帮助菜单36

2.3 综合序列分析在线程序37

2.3.1 EMBOSS37

2.3.2 SeWeR41

参考文献42

第3章 用BLAST进行序列相似性搜索43

3.1 引言43

3.2 局部比对搜索基本工具BLAST46

3.2.1 BLAST简介46

3.2.2 BLAST检索的基本知识47

3.2.3 BLAST检索工具的分类49

3.2.4 BLAST检索中采用的数据库53

3.2.5 BLAST检索的步骤54

3.2.6 通过BLAST搜索发现序列的生物学意义58

3.2.7 用BLAST发现新基因59

参考文献62

第4章 用Clustal（X/W）进行多序列比对63

4.1 引言63

4.2 Clustal X64

4.2.1 Clustal X功能详解64

4.2.2 用Clustal X进行蛋白质多序列比对72

4.3 Clustal W74

第5章 进化树构建76

5.1 引言76

5.1.1 进化树构建的基本程序76

5.1.2 进化树构建的方法选择77

5.1.3 进化树构建的软件选择78

5.1.4 数据分析及结果推断80

5.1.5 总结81

5.2 PHYLIP——免费的集成的系统分析软件包81

5.2.1 概述81

5.2.2 实例：用PHYLIP软件包构建GPD蛋白家族的系统进化树82

5.3 MEGA4——免费的本地建树工具85

第6章 序列格式转换90

6.1 常见的分子序列格式90

6.2 序列格式转换软件95

6.2.1 SeqVerter 1.395

6.2.2 ForCon 1.096

6.2.3 序列格式转换在线程序READSEQ99

第7章 序列信息递交102

7.1 引言102

7.2 用BankIt递交新基因序列103

7.3 用Sequin递交新基因序列108

第8章 引物设计115

8.1 引言115

8.2 通用引物设计软件Primer Premier 5.00116

8.2.1 Primer Premier 5.00的序列编辑窗口117

8.2.2 Primer Premier 5.00的引物设计窗口117

8.2.3 Primer Premier 5.00的引物检索结果输出窗口119

8.2.4 Primer Premier 5.00的引物编辑窗口121

8.2.5 用Primer Premier 5.00进行巢式PCR引物设计121

8.2.6 用Primer Premier 5.00进行简并引物设计122

8.2.7 Primer Premier 5.00的其他功能122

8.2.8 Primer Premier 5.00程序存在的不足123

8.3 通用引物在线设计程序Primer 3123

8.3.1 Prier 3概述123

8.3.2 实例：应用Primer3设计针对p53基因mRNA编码区的特异引物123

8.4 简并引物在线设计程序GeneFisher127

8.4.1 简并引物设计过程及原则127

8.4.2 简并引物设计程序GeneFisher128

第9章 质粒绘图134

9.1 质粒绘图软件WinPlas134

9.1.1 WinPlas的操作界面134

9.1.2 WinPlas的操作方法137

9.1.3 WinPlas的操作实例142

9.2 质粒作图在线程序PlasMapper 2.0143

9.2.1 PlasMapper 2.0的基本功能与操作方法143

9.2.2 PlasMapper 2.0程序运行实例146

参考文献147

第10章 用ANTHEPROT进行蛋白质序列分析148

10.1 引言148

10.2 工具栏与基本功能149

10.2.1 工具栏149

10.2.2 基本功能150

10.3 蛋白质序列编辑功能151

10.4 蛋白质基本分析功能152

参考文献158

第11章 用同源建模服务器SWISS-MODEL进行蛋白质三维结构预测159

11.1 SWISS-MODEL159

11.2 运行实例：用SWISS-MODEL服务器进行蛋白三维模型构建工作161

11.2.1 实例之一：用首选模式进行牛血清白蛋白的同源建模与结构解析161

11.2.2 实例之二：利用项目模式进行蛋白的同源建模168

11.2.3 实例之三：利用比对模式进行蛋白的同源建模171

11.2.4 实例之四：寡聚蛋白的同源建模172

11.3 蛋白质分子结构预测方法173

11.3.1 同源建模174

11.3.2 反相折叠175

11.3.3 从头预测176

参考文献176

第12章 蛋白质结构比对178

12.1 蛋白质结构分类178

12.1.1 按结构域分类178

12.1.2 系统性分类179

12.2 蛋白质结构比对工具182

12.2.1 VAST——矢量比对工具182

12.2.2 DALI距离矩阵（distance matrix alignment）183

12.2.3 Structure184

12.2.4 SSAP186

第13章 用RasMol/PyMOL/Swiss-PdbViewer进行生物分子三维结构显示和分析187

13.1 引言187

13.1.1 分子坐标表示方法188

13.1.2 分子表面189

13.1.3 分子图形显示模型190

13.1.4 蛋白质结构测定方法191

13.2 RasMol192

13.2.1 RasMol的操作窗口192

13.2.2 RasMol的命令行窗口197

13.2.3 RasMol应用实例198

13.3 RasTop简介205

13.4 Swiss-PdbViewer206

13.4.1 Swiss-PdbViewer简介206

13.4.2 Swiss-PdbViewer运行实例207

13.5 PyMOL215

13.5.1 PyMOL简介215

13.5.2 PyMOL应用实例216

第14章 计算机辅助基因识别224

14.1 引言224

14.2 GENSCAN——基因预测的首选工具225

14.2.1 影响GENSCAN预测准确度的因素226

14.2.2 GENSCAN的操作流程228

14.3 WebGene——基因结构分析和预测工具集230

14.4 GeneBuilder——基因结构预测系统230

14.5 ORF Finder——NCBI的开放阅读框（ORF）识别工具233

14.6 CpGPlot/CpGReport/Isochore——EMBL的CpG岛计算工具233

14.7 tRNAscan-SE——tRNA基因识别工具235

第15章 计算机辅助疫苗设计238

15.1 引言238

15.1.1 计算机辅助疫苗设计技术诞生的时代背景238

15.1.2 计算机辅助疫苗设计技术的原理与方法238

15.1.3 计算机辅助疫苗设计的产业前景240

15.2 IMGT工具包241

15.3 蛋白酶体酶切位点的预测244

15.3.1 NetChop 3.0服务器244

15.3.2 ProPrac244

15.4 MHC结合区域的预测245

15.5 T细胞表位的预测246

15.6 免疫学数据库247

参考文献248