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第1章 两派权威学者进化史观的差异1

1.1 辛普森：达尔文以后的进化研究3

1.2 木村资生：从拉马克到中立学说6

第2章 19世纪达尔文后的两位伟大进化论学者19

2.1 对魏斯曼和海克尔具有影响的19世纪思潮19

2.1.1 达尔文的进化理论的确立19

2.1.2 自然神论和因果联系决定论19

2.2 成就魏斯曼和海克尔的科学背景23

2.2.1 细胞学取得的成果23

2.2.2 胚胎学取得的成果25

2.2.3 古生物学状况：特创论当道27

2.2.4 遗传学状况：混合遗传观念主导27

2.3 魏斯曼28

2.3.1 魏斯曼关于遗传问题的见解30

2.3.2 魏斯曼《生殖质说——一种遗传理论》的序言32

2.3.3 魏斯曼的生殖质假说36

2.3.4 魏斯曼的进化思想37

2.4 海克尔38

2.4.1 海克尔其人38

2.4.2 海克尔绘制出第一个“生物进化系统树”39

2.4.3 海克尔系统树中的“缺失的环节”41

2.4.4 海克尔认为全部生物最早的共同祖先是Monera42

2.4.5 原虫说45

2.4.6 海克尔的“原虫说”在马克思主义哲学上的价值46

2.4.7 海克尔的重演说47

2.4.8 一元论哲学的倡导者50

第3章 达尔文主义的低谷时期53

3.1 新拉马克主义53

3.2 定向进化理论54

3.3 德弗里斯的突变论55

3.4 生物统计学派与孟德尔学派的论争57

第4章 进化的综合理论59

4.1 进化的综合理论的主要特点59

4.2 进化的综合理论有两个发源地60

4.3 数理群体遗传学（或称群体遗传学）61

4.4 进化遗传学66

4.4.1 突变类型的概念67

4.4.2 基因突变67

4.4.3 基因重组68

4.4.4 染色体畸变68

4.4.5 碱基置换70

4.4.6 插入与缺失72

4.4.7 基因组重复74

4.4.8 基因作用的多效性75

4.4.9 突变与生存率关系的相对性76

4.5 遗传多样性76

4.5.1 遗传多样性的概念76

4.5.2 爱尔兰大饥荒76

4.5.3 群体的命运视基因库的情况而定77

4.5.4 基因水平转移是增加遗传多样性的有效方式77

4.5.5 物种的历史长短与遗传多样性的大小有关77

4.5.6 基因组分析技术的进步会发现许多异常多样性79

4.5.7 保持作物和家畜的遗传多样性79

第5章 生物多样性与分类学发展80

5.1 人类对生物多样性的认识源远流长80

5.2 古希腊、古罗马及我国的古代学者对物种多样性的认识81

5.3 世界上第一个植物园、动物园、博物馆的诞生，有力地推动了人们对物种多样性的认识82

5.4 分类学是人类最早认识物种多样性的学问，林耐的伟大贡献83

5.4.1 植物学和动物学由于林耐而到达了一种近似的完成83

5.4.2 《自然体系》是林耐最重要的著作84

5.4.3 林耐创立了二名法及人为分类体系85

5.4.4 林耐派遣其弟子奥斯贝克来中国采集86

5.4.5 林耐的先驱们87

5.4.6 林耐的世界观与历史唯物主义评价88

5.4.7 林耐的荣誉与晚年89

5.5 人为分类向自然分类的过渡89

5.6 分类学向系统分类学的转变91

5.7 迈尔与斯特宾斯91

第6章 物种与物种形成93

6.1 定义物种概念的困难93

6.2 生物学种概念94

6.3 综合理论权威学者们论物种概念95

6.4 对迈尔种定义的批评与质疑96

6.5 生殖隔离的起源97

6.6 生殖隔离机制的种类98

6.6.1 生殖前隔离99

6.6.2 交配后隔离100

6.6.3 特殊环境条件下，异种间的生殖隔离可以消除101

6.7 物种数目与物种分化的关系101

6.8 物种分化的样式102

6.8.1 物种分化的总样式102

6.8.2 物种分化的古典样式：异域性种分化102

6.8.3 同域性种分化103

6.8.4 邻域性种分化105

6.8.5 原域性种分化105

第7章 古生物学发展与辛普森的重大贡献106

7.1 对古生物的认识过程106

7.1.1 前古希腊时期及古希腊时期106

7.1.2 中世纪时期107

7.1.3 文艺复兴时期107

7.1.4 17世纪到18世纪初108

7.1.5 布丰对化石的见解108

7.2 研究化石的学问与进化论同时登场，两者一开始就激烈冲突109

7.2.1 法国国立自然史博物馆的三位学者109

7.2.2 古生物学和地质学迎来发展的隆盛期111

7.3 在达尔文进化论启迪下一些古生物学家朝着正确方向前进113

7.4 特创论古生物学家猛烈攻击达尔文学说114

7.5 描述古生物学为后来进化论的发展积累了丰富的资料117

7.6 新拉马克主义和定向进化理论兴起117

7.7 辛普森使古生物学成为进化综合理论的中坚力量120

7.7.1 辛普森其人120

7.7.2 辛普森通过马科动物研究，批判新拉马克主义和定向进化理论121

第8章 自然选择127

8.1 适应度127

8.2 正选择与负选择128

8.3 自然选择作用的三种方式128

8.3.1 稳定化选择128

8.3.2 方向性选择129

8.3.3 分裂化选择130

第9章 进化的规模132

9.1 小进化133

9.2 中进化136

9.2.1 夏威夷群岛上生息着非常多的果蝇种类136

9.2.2 夏威夷群岛形成的地质学背景137

9.2.3 唾腺染色体研究阐明了翅膀有图案果蝇的系统关系138

9.2.4 翅膀有图案的果蝇的种分化机制140

9.3 大进化141

9.3.1 突变与跳跃理论141

9.3.2 适应带转移与量子进化理论141

9.3.3 同源异形基因的突变与大进化144

9.3.4 生物大量灭绝152

第10章 分子进化的中立理论154

10.1 传统的进化综合理论受到严厉挑战154

10.2 分子进化序说（木村资生）155

第11章 中立理论的发展168

11.1 支持中立理论的证据168

11.1.1 分子进化速度的一定性168

11.1.2 置换速度依功能的重要程度而有所差异168

11.1.3 较之非同义置换，同义置换的速度大169

11.1.4 不具有功能的DNA区域进化速度快169

11.2 中立理论及大致中立理论的发展169

第12章 人类基因组计划完成，进化学步入新时代176

12.1 基因组概念的由来与演变176

12.2 实施人类基因组计划的技术前提176

12.3 人类基因组计划酝酿经过177

12.4 人类基因组计划启动及重要成果178

12.5 人基因组的特征179

12.5.1 具有蛋白质信息的基因数意外地少179

12.5.2 在人的基因组中看到有细菌基因存在179

12.5.3 在人的基因组中还有转座子基因180

12.5.4 在人的基因组中有大量重复DNA序列180

12.5.5 单核苷酸多态性180

12.5.6 碱基的缺失或插入180

12.5.7 人的突变率180

12.5.8 变异速度181

第13章 进一步认识人类自身182

13.1 人类基因组研究的哲学意义182

13.2 基因组和表型组的研究相结合才能更好认识进化182

13.3 达尔文关于人类起源的见解183

13.4 黑猩猩与大猩猩孰与人类最近？184

第14章 人类进化的化石研究187

14.1 人类的特征187

14.2 最古的人类188

14.3 南方古猿阶段190

14.3.1 南方古猿属（Australopithecus）含6个种191

14.3.2 傍人属（Paranthropus）是粗壮型的南方古猿195

14.4 人属的特点、起源与扩张197

14.4.1 人属的一般特点197

14.4.2 人属的起源199

第15章 智人是如何进化来的210

15.1 智人的概貌210

15.2 尼安德特人210

15.2.1 尼安德特人的发现210

15.2.2 尼安德特人被认定为智人211

15.2.3 尼安德特人的起源、分布与灭绝211

15.3 现代人（Homo sapiens sapiens）213

15.3.1 现代人的特征214

15.3.2 现代人的起源217

参考文献231

附录 进化学史年表235

人名索引241

结束语246